Виды расположены по системе, принятой Г.В. Коноваловой (1998), в основу которой положена классификация Сурни (Sournia, 1986) в модификации Кретьен-Дине с соавторами (Chretiennot-Dinet et al., 1993), а также с внесением номенклатурных изменений последних лет, обобщенных Гомесом (Gomez, 2005) в списке видов свободноживущих динофлагеллят Мирового океана, за некоторым исключением. Например, в объеме рода Dinophysis мы оставляем род Phalacroma в качестве синонима, выделяя в ключах его особенности, которые, на наш взгляд, все же не могут претендовать на родовые. Вид Dinophysis rudgei (Murray et Whitting) Abe (=Phalacroma rudgei) считаем самостоятельным и для отождествления его с видом Dinophysis rotundatum Claparede et Lachmann (=Phalacroma rotundata) пока не видим каких-либо веских оснований. В отличие от принятой ранее системы (Коновалова, 1998) роды Oxyrrhis и Kryptoperidinium перенесены в группу «Incertae sedis».
В итоге настоящего исследования в планктоне российской части Японского моря обнаружено 203 вида (219 с внутривидовыми таксонами), относящиеся к 42 родам, 17 семействам, 7 порядкам и одному классу.