Эллобиопсиды – сложная, гетерогенная группа паразитических протистов, недостаточная изученность которой все еще препятствует окончательному систематическому определению таксона. Она, несомненно, более близка к динофитовым и до 80-90-х годов прошлого века входила в состав паразитических динофлагеллят, хотя и была в разное время отнесена как к саркодовым, так и к грибам. Последние системы динофлагеллят, где в качестве членов стоят эллобиопсиды: Сурния (Sournia, 1986) – семейство Ellobiopsidae (порядок Thalassomycetales, nomenudus), Поповский и Пфиестер (Popovsky, Pfiester, 1990) – подкласс Ellobiophycidae (порядок Thalassomycetales). Однако из более поздней системы динофлагеллят (Fensomeetal., 1993) они решительно удалены, как принадлежащие к грибам, без каких-либо обоснований. Наиболее верным представляется их положение в современной мегасистеме природы (SystemaNature) Шипунова (Shipunov, 2002), где они в качестве класса Elobiopsea стоят в типе Dinosoa (надтипа Alveolata) сразу за классом Peridinea, что демонстрирует их большую близость к последним, нежели к грибам. Принадлежность их к Alveolata показана недавно при исследовании паразитического рода эллобиопсид Thalassomyces, который оказался типичным альвеолятом согласно молекулярной последовательности генов. У него также подобное динофлагеллятам устройство жгутиков подвижных спор (Silberman et al., 2004, цит. по: Taylor, 2004). Поскольку приемлемая современная система эллобиопсид отсутствует, для описания найденных нами видов, мы следовали системе Boschma (1956), в которой они рассматриваются в ранге семейства Ellobiopsidae, в соответствии с описанием эллобиопсид как паразитов планктонных ракообразных в наиболее значимых исследованиях последних лет (Shields, 1994; Bridgemanetal., 2000; Ohtsukaetal., 2000).